Andrés Felipe Arias nació en Medellín en 1973 y estudió Economía en la Universidad de los Andes hasta 1999. Luego hizo una maestría y un doctorado de economía en la Universidad de Los Ángeles. En el 2000 conoció al presidente Uribe en un Club Campestre en Medellín.
Su carrera política comenzó cuando finalizó su doctorado: el entonces Presidente Uribe lo nombró director de la política Macroeconómica del Ministerio de Hacienda en el 2002. Después fue nombrado Viceministro de Agricultura en el 2004, y luego Ministro en el 2005.
En este último cargo, Arias lanzó el programa Agro Ingreso Seguro para darle subsidios al Agro. El programa fue fuertemente criticado en el Congreso y en la opinión pública porque terminó beneficiando a los sectores más pudientes del país más que al campesinado pobre colombiano.
El mismo año en que se destapó el escándalo, Arias lanzó su precandidatura a la presidencia por el Partido Conservador. Su candidatura siempre estuvo condicionada a la eventual candidatura de Uribe y se vio cuestionada por denuncias de irregularidades en su financiación. Perdió la consulta interna con Noemí Sanín, y los enfrentamientos entre ambos dividieron el partido. Eventualmente, sus colaboradores se unieron a la campaña del Presidente Santos.
En octubre de 2010, el Procurador Alejandro Ordoñez dictó pliego de cargos contra Arias, donde se le acusa de cuatro faltas disciplinarias gravísimas: la primera es que no cumplió con los "factores de evaluación precisos y claros" en la asignación de los subsidios. La segunda es que se desconocieron los principios de transparencia, selección objetiva y responsabilidad. La tercera es "desconocer los principios de transparencia y responsabilidad que gobiernan la actividad contractual, al utilizar la modalidad de contratación directa para celebrar los convenios especiales de cooperación científica y tecnológica". Y finalmente, se soprepasaron los topes de gastos del programa, desbordando los porcentajes establecidos para 2008. En efecto, Arias contrató directamente con el IICA y excedió los topes por un valor de más de 6.000 millones. En el caso particular del ex ministro, hubo irregularidades en los gastos de administración y de cooperación científica, valorados en más de 280 mil millones, que terminaron en manos de familias poderosas de la costa.
Arias fue escogido por Santos para ser Embajador en Italia, pero rechazó el cargo para hacer frente a la investigación de la Procuraduría.
Seis meses después, la Procuraduría destituyó al ex ministro y lo inhabilitó para ejercer cargos públicos por 16 años. A su vez, la Fiscalía General de la Nación le imputó cargos por peculado y celebración de contratos sin el lleno de los requisitos legales. En la audiencia de julio de 2011, la Fiscal Viviane Morales pidió la medida de aseguramiento, la cual fue dictada por el magistrado del Tribunal Superior de Bogotá, Orlando Fierro. Arias fue trasladado a la Escuela de Infantería del Cantón Norte, en donde permanece recluido a la espera del fallo.
En enero de 2012 su audiencia preparatoria fue aplazada hasta marzo luego de que su abogado José Aníbal Gómez argumentara que no había recibido respuesta de los derechos de petición solicitados a varias instituciones, entre ésas el Ministerio de Agricultura, y que sin esa información no era posible hacer la defensa. Aunque el ministro Juan Camilo Restrepo negó que se hubieran ignorado los derechos de petición, la defensa de Arias anunció que alistará una demanda en contra del Ministerio de Agricultura. Durante esa misma semana, el ex viceministro de agricultura Juan Camilo Salazar fue condenado a 10 años por su relación con el escándalo de Agro Ingreso Seguro.