Juan Carlos Pinzón nació en Tunja. Es administrador de empresas y economista de la Universidad Javeriana con Máster en Políticas Públicas de la Escuela de Asuntos Públicos e Internacionales Woodrow Wilson de Princeton.
Pinzón fue Secretario Privado de Santos cuando éste fue Ministro de Hacienda, y años después se desempeñó como Viceministro de Defensa con Santos como Ministro. Se conocen desde que Pinzón, muy joven, entró a la Fundación Buen Gobierno.
Viene de una familia de tradición militar. Su padre es el coronel Rafael Pinzón, y está casado con María del Pilar Lozano, también hija de militar.
Pinzón también trabajó varios años en el sector económico. Fue vicepresidente para la Banca de Inversión de Citigroup en Colombia, vicepresidente de Asobancaria cuando la presidente era Patricia Cárdenas (hermana de Mauricio Cárdenas), trabajó en la Federación Nacional de Cafeteros y fue asesor del director ejecutivo del Banco Mundial.
Como Viceministro de Defensa, estuvo a cargo del manejo del presupuesto y del proceso de modernización de las Fuerzas Militares.
En 2010 fue nombrado por el Presidente Juan Manuel Santos como el nuevo Secretario General de Presidencia.
El 31 de agosto de 2011, Santos lo nombró como reemplazo de Rodrigo Rivera en el Ministerio de Defensa. Una de sus mayores labores ha sido combatir la percepción de inseguridad en el país, acabar con las rencillas internas y fortalecer la imagen de la Policía. Bajo su gestión se han dado algunos de los golpes más duros a las Farc, como lo fue la Operación Armagedón del 26 de marzo en el Meta.
