Es economista de la Universidad Nacional, especializado en la Universidad de Rennes (Francia), profesor de la Universidad Nacional y director del Centro de Investigaciones para el Desarrollo de esa universidad. Es seguidor de la lína keynesiana en economía y, en esa medida, es un fiel representante de la izquierda moderada o socialdemócrata.

Junto con Jorge Iván González (que no quiso formar parte del gabinete) fue uno de los cerebros del programa de Petro en su parte económica.

Bonilla no ha militado en política y es uno de los más claros símbolos de la llegada de la academia, especialmente la de la Universidad Nacional, a cargos de poder en el Distrito.

Pero a la vez es uno de los nombramientos que ha despertado más críticas no por sus conocimientos sino por su falta de experiencia administrativa en el sector público. Especialmente porque la Secretaría de Hacienda es una entidad grande, responsable de una presupuesto anual que se acerca a los 12 billones de pesos, y en la que Bonilla supervisará la ejecución del presupuesto participativo que ha planteado Petro.