César Caballero es politólogo de la Universidad de los Andes con una especialización en Gestión Pública de la misma universidad y una maestría en Estudios Latinoamericanos de la Universidad de Oxford, Inglaterra. Durante su vida profesional ha alternado el servicio público con la academia.

Actualmente trabaja como gerente de su firma Cifras y Conceptos S.A.

Como director del DANE durante la primera administración de Álvaro Uribe, se hizo célebre tras su dimisión al cargo después de que el Presidente le prohibiera revelar los resultados de la Encuesta de Victimización.

Fue decano de la Facultad de Ciencias Sociales y Empresariales de la Universidad Autónoma de Manizales.