Ha promovido desde el sector público y no gubernamental múltiples estrategias en torno a la planificación sectorial del territorio en función del ordenamiento ambiental, con base en la articulación entre autoridades de los diferentes niveles, organizaciones sociales y pueblos indígenas, entre otros actores.

A la cabeza de la Dirección Territorial Región Amazonia-Orinoquia de Parques Nacionales Naturales entre 2000 y 2010, logró la constitución de áreas protegidas de manera coordinada con la Agencia Nacional de Hidrocarburos. En el marco de distintas políticas de paz a lo largo de los últimos doce años, y desde la dirección de la Fundación para la Conservación y el Desarrollo Sostenible desde hace seis, Rodrigo Botero ha impulsado procesos de planificación del sector de transporte en áreas ecológicamente sensibles, así como iniciativas para la formalización de la propiedad en la Amazonia, la sustitución de cultivos ilícitos y la instalación de programas agroambientales para los pobladores. Con pueblos indígenas, además, ha contribuido a fortalecer sus sistemas tradicionales de manejo de los recursos naturales, así como su capacidad de interlocución con la institucionalidad.

Una de sus mayores fortalezas es el uso novedoso de Sistemas de Información Geográfica para el análisis de conflictividades socio-ambientales, alertas tempranas, monitoreo de deforestación y modelamiento de escenarios futuros; información que pone a disposición de tomadores de decisiones y ejercicios de control social territorio.

Es zootecnista de la Universidad Nacional, Bogotá, Colombia con Maestría en Desarrollo Sostenible de sistemas Agrarios, ciencias agrarias y ambientales de la Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia