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Su privilegiada posición geográfica, con amplias y poco habitadas costas en el mar caribe, y con una parte de su territorio en la Sierra Nevada de Santa Marta y la Ciénaga Grande, lo han hecho un departamento atractivo para el narcotráfico.
El departamento del Magdalena ha sido escenario de todas las formas y tipos de violencia directa que ha padecido el país en las últimas 4 décadas. En su territorio, han hecho presencia todos los bandos que se han enfrentado en el marco del conflicto armado, así como otras expresiones de criminalidad (previas y posteriores) generadoras de violencia.
Su privilegiada posición geográfica (con amplias y poco habitadas costas en el mar caribe, destacándose las bahías de Gaira, Santa Marta y Taganga, las puntas de Castillete, Betín y Brava y los cabos de La Aguja, San Agustín y San Juan de Guía) y con una parte de su territorio en la Sierra Nevada de Santa Marta y la Ciénaga Grande, lo han hecho un departamento atractivo para el narcotráfico.
La presencia de actores armados, se remonta a la década de los setenta del siglo pasado en el marco de la bonanza marimbera. En la Sierra Nevada de Santa Marta, aparecieron marimberos guajiros y de la propia región. Estos grupos dedicados a la siembra y comercialización de la marihuana crearon sus propios cuerpos de seguridad y cobró de cuentas. Es decir, la génesis de los grupos de autodefensas en esta subregión está ligada a la marihuana, de ahí se derivaron las estructuras armadas de los Rojas en la zona de Palmor y Hernán Giraldo en Guachaca.
Al finalizar la bonanza marimbera, las redes mafiosas que se conformaron entorno a la exportación de la marihuana hacia los Estados Unidos fueron rápidamente reactivadas por los carteles de la cocaína y posteriormente por los grupos paramilitares. Algo a destacar de esta primera fase, es que parte de las elites políticas y económicas del departamento se vincularon estrechamente al negocio ilegal.
En la década de los 80, hacen su aparición en la región los grupos guerrilleros, primero las FARC-EP y luego el ELN, todo en el marco de sus planes nacionales de expansión territorial. En el caso de las FARC, el Frente 19 “José Prudencio Padilla”, nace como fruto de los planes estratégicos de la VII conferencia, que ordenó el desdoblamiento de los frentes existentes, por lo cual el frente X (con radio de acción en Arauca) envía unidades a formar un nuevo frente en el Magdalena, específicamente en la Sierra Nevada de Santa Marta. Esta estructura guerrillera tuvo influencia en la vertiente de los ríos Córdoba y Ariguaní en el departamento del Magdalena, asi como en las zonas rurales de los municipios de Fundación, Ciénaga, Aracataca y territorios indígenas de los resguardos Kogui-Malayo- Arhuaco y Kogui (Aracataca y Ciénaga) y Arhuaco de la Sierra Nevada de Santa Marta. Para el año 2010, las pocas unidades que aún subsistían de este Frente guerrillero, fueron acogidas por el Frente 59, ubicándolos en zona rural del municipio de Barrancas en el departamento de la Guajira.
A inicios de la década de los 90, el ELN consolida su presencia en el departamento por medio de los Frentes Javier Castaño, que operó en la Sierra Nevada de Santa Marta, en área rural de los municipios Ciénaga, Santa Marta y Zona Bananera, y el Frente Domingo Barrios que tuvo como radio de acción las zonas rurales de los municipios de Aracataca, Ciénaga y Fundación. Ambos frentes fueron fusionados en la segunda mitad de la década anterior y posteriormente fueron desmontados.
En el caso de la Fuerza Pública, en la Región Caribe, entre los años 2002 y 2008 el pie de fuerza se incrementó en un 40%. En la Sierra Nevada de Santa Marta, se instalaron Batallones de Alta Montaña con el fin de limitar y controlar los corredores estratégicos de las guerrillas en los 3 departamentos (Cesar, Magdalena y La Guajira). En cumplimiento de su objetivo de controlar territorialmente la Sierra Nevada, las Fuerzas Militares hicieron presencia por medio del Batallón de Alta Montaña No 6 (Mayor Robinson Daniel Ruiz Garzón), en el corregimiento de Santa Clara, municipio de Fundación, departamento del Magdalena; el Centro de Instrucción y Entrenamiento el Cenizo en el corregimiento de Tucurinca, en Aracataca. A su vez, la Policía Nacional instaló Puestos de Policía en varios lugares. En el mismo periodo de tiempo, en la Sierra Nevada de Santa Marta se adelantaron las siguientes operaciones militares: Flamante, Mercurio, Mariscal, Feroz Nicaragua, Ocaso, Monserrate y Misión Táctica Job, con los objetivos de conseguir control del territorio, neutralizar la insurgencia armada y brindar seguridad a la población.
En la actualidad no hay presencia de estructuras guerrilleras en este departamento colombiano. Tanto el ELN como las FARC-EP fueron derrotados por la acción ofensiva del Estado y la presencia hegemónica del Bloque Norte de las Autodefensas Unidas de Colombia, que en el departamento del Magdalena instaló 4 frentes que dirigieron gran parte de su accionar en contra de la población civil, produciendo una fuerte crisis humanitaria.
El golpe de gracia para las estructuras guerrilleras que operaban en la Sierra Nevada de Santa Marta lo dieron tropas del Ejército adjuntas al Comando Caribe, el 23 de febrero de 2010 en zona rural del municipio de Dibulla (Guajira), al capturar a Alberto Villareal Yance (Emel), comandante del Frente 19 de las FARC, quien había sido encargado por el Estado Mayor del Bloque Caribe para realizar la retoma de la Sierra Nevada de Santa Marta.
En la actualidad hacen presencia en el departamento algunos nodos de las redes criminales de las AUC, especialmente en los municipios de San Ángel, Remolino, Chibolo y Pivijay, también el Clan del Golfo que utiliza el puerto de Santa Marta y las costas del departamento para la exportación de clorhidrato de cocaína, en coordinación con Los Pachenca. Este último grupo lidera el crimen organizado en la ciudad de Santa Marta y sus municipios vecinos.
